[이데일리 이지은 기자] 미국 바이오기업이 국내 제약사에 간암 치료기술을 이전하고 받은 기술료에 대해 과세 대상은 아니라고 본 항소심 판단이 대법원에서 뒤집혔다.

18일 법조계에 따르면 대법원 3부(주심 오석준 대법관)는 미국 법인 제노스코가 동작세무서장을 상대로 낸 원천징수 법인세 환급거부처분 취소 소송에서 원고 승소로 판결한 원심을 파기환송했다.

제노스코는 2016년 10월 유한양행과 간암 표적치료용 화합물에 관한 기술과 노하우를 이전하는 계약을 체결했다. 이에 따라 제노스코는 정액 기술료와 함께 향후 개발될 완제품의 최초 시판일부터 특허 만료일까지 일정 비율의 경상 기술료를 받기로 했다.

유한양행은 같은 해 11월 제노스코에 계약금 명목으로 기술료 중 일부인 5억원을 지급하면서 원천징수 법인세를 납부했다. 이듬해 7월 제노스코는 해당 소득이 국내원천소득이 아니라며 환급을 요구하는 경정청구를 냈지만, 동작세무서가 이를 거부하자 소송을 제기했다.

2심은 문제 된 기술과 노하우가 한미조세협약상 ‘자본적 자산’에 해당해 과세 대상이 아니라고 판단했다. 한미조세협약은 양국 간 이중과세를 방지하기 위한 조약으로, 제16조 1항은 부동산 관련 소득 등이 아닌 ‘자본적 자산’의 처분으로 발생한 소득에는 상대국 과세를 면제하도록 규정한다. 다만 국내법에는 자본적 자산의 정의가 없어 해석 기준이 쟁점이 돼 왔다.

대법원은 한미조세협약상 자본적 자산 개념을 보다 제한적으로 해석해야 한다고 봤다. 1976년 협약 체결 당시 미국 내국세법은 사업에 사용되고 감가상각 대상이 되는 재산을 자본적 자산에서 제외하고 있었다는 이유에서다.

재판부는 “이 사건 노하우 등은 제노스코가 사업에 사용하는 재산으로서 감가상각 공제가 가능한 재산”이라며 따라서 “협약 체결 당시 문맥에 따르면 자본적 자산에 해당한다고 볼 수 없다”고 밝혔다.

다만 협약상 ‘무형의 개인재산’에 해당할 가능성은 있다고 봤다. 재판부는 “이 사건 소득은 노하우 등이 매각된 장소에 원천을 둔 것으로 취급돼야 한다”며 “파기환송심에서는 노하우 등이 무형의 개인재산에 해당하는지, 또 매각 장소를 한국으로 볼 수 있는지 추가 심리해야 한다”고 설명했다.