거주 안 한 집, 종부세 껑충…'보유공제' 폐지시 잠실엘스 241만원↑

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이데일리,

2026년 7월 14일, 오전 11:33

[이데일리 최정희 기자] 16일 부동산 세제 정책 관련 대국민 토론회를 앞두고 이재명 대통령이 거주하는 주택과 비거주하는 주택 간 보유세 차별화 가능성을 언급했다. 이에 따라 종합부동산세(종부세)에 적용되는 1주택자 장기보유특별공제가 축소·폐지되고 ‘거주’공제로 전환될 가능성이 제기된다.

장기보유특별공제가 폐지될 경우 비거주 중인 아파트의 종부세 부담이 껑충 뛸 전망이다. 10년 이상 보유했지만 비거주 중인 서울 송파구 잠실동 엘스 아파트(84㎡)의 경우 장기보유특별공제가 폐지되면 종부세 등 보유세 부담이 815만원으로 작년 대비 241만원 늘어나게 된다. 세액공제가 유지될 경우와 비교해선 세금 부담이 152만원 증가한다.

이미지=제미나이
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14일 이데일리가 우병탁 신한 프리미어 패스파인더 전문위원에게 의뢰해 종부세 장기보유특별공제 폐지시 늘어날 보유세 부담 변화를 분석한 결과 잠실 엘스(84㎡)를 10년 이상 보유한 1주택자는 작년 574만원의 보유세(종부세·재산세 등)를 냈는데 올해 공시가격 상승(18억 6000만원→23억 4200만원)으로 663만원을 내야 한다. 보유세 부담이 작년 대비 89만원, 16% 증가한다.

그런데 해당 주택을 10년간 보유만 하고 거주하지 않은 경우 장기보유특별공제가 폐지되면 올해 보유세 부담액은 815만원으로 작년(574만원) 대비 241만원, 42%로 급증하게 된다. 장기보유특별공제가 있을 때와 비교해 152만원, 22.8% 세금 부담이 증가한다.

종부세는 1주택자의 경우 공시가격 12억원까지 공제된 후 12억원 초과분부터 부과되는데 1주택자에 한해 장기보유특별공제가 적용된다. 5년 이상 보유하면 세액공제율 20%, 10년 이상이면 40%, 15년 이상이면 50%의 공제율이 적용된다. 양도소득세 장기보유특별공제는 보유와 거주를 나눠 최대 각각 40%씩 공제하지만 종부세 장기보유특별공제는 거주 공제가 별도로 없고 보유 공제만 있는 상황이다.

그 대신 고령자 공제로 주택 보유자가 만 60세 이상이라면 20%, 65세 이상이라면 30%, 70세 이상이라면 40%의 추가 공제가 적용된다. 70세 이상이면서 15년 이상 주택을 보유했다면 90%의 공제가 적용돼야 하지만, 과도한 중복 공제 방지 등을 위해 최대 80%의 공제율을 적용한다.

그런데 이재명 정부에선 거주하는 주택이냐, 거주하지 않는 주택이냐에 따라서 세금 부담을 차등화하는 방향을 제시한 만큼 종부세 장기보유특별공제도 거주공제로 전환될 가능성이 제기된다. 앞서 이 대통령은 자신의 소셜미디어 X(엑스·옛 트위터)를 통해 1주택자 양도세 장기보유특별공제의 보유공제에 대해 “거주 여부와 무관하게 장기보유했다는 이유만으로 세금을 깎아주는 제도”라며 거주 중심으로 개편해야 한다는 취지의 입장을 밝힌 바 있다. 이러한 정책 방향이 종부세에도 적용될 가능성이 커지는 분위기다.

성동구 하왕십리동 텐즈힐1단지(84㎡) 아파트를 보유한 1주택자는 작년까지만 해도 공시가격이 11억 7900만원으로 종부세를 내지 않았는데 올해 14억 1100만원으로 뛰면서 종부세 등 보유세를 부담해야 한다. 작년 보유세는 226만원인데 올해 10년 보유를 전제로 장기보유특별공제를 받으면 275만원을 내야 한다. 종부세(농어촌특별세 포함)로 29만원을 내야 하기 때문이다. 그런데 해당 주택을 비거주한 경우, 장기보유특별공제가 폐지되면 보유세 부담액이 295만원으로 껑충 뛴다. 작년 대비 보유세가 68만원, 30% 늘어난다.

현재의 보유세 구조는 1주택자와 다주택자만 세금 부담이 차등화됐는데 이럴 경우 1주택 거주, 1주택 비거주, 다주택자로 세금 부담이 차등화될 전망이다. 종합부동산세 공정시장가액비율 60%, 재산세 공정시장가액비율 43~45% 상향 조정 가능성 등 보유세 부담을 전반적으로 늘리는 방안도 논의 대상으로 거론된다.

1주택자이지만 고가 주택을 보유한 경우와 다주택자이지만 중저가 주택을 여러 채 보유한 경우의 보유세 차등화 방안도 논의될 전망이다. 현재 다주택자는 장기보유특별공제를 적용받지 못할 뿐 아니라 주택 합산 공제금액이 9억원으로 1주택자 공제금액(12억원)보다 적다. 또 과세표준 12억원 초과분부터 3주택 이상자는 세율이 2주택 이하 보유자보다 두 배 가량 높아진다. 공시가격 기준으로 주택 보유 금액이 더 높음에도 1주택자라는 이유만으로 다주택자보다 세금을 적게 내는 게 적정한지에 대한 논란이 꾸준히 제기돼왔다.

이 대통령은 16일 부동산 세제 정책 토론회와 관련 X를 통해 “부동산에 대한 적정한 보유세, 실주거용 1주택과 비거주용 또는 다주택에 차이를 둘지, 어느 정도 차이가 적정한지, 초고가 실거주 주택은 별도로 처리할 지, 추가 부담할 초고가 주택은 얼마로 할지 등이 주요 쟁점”이라고 밝혔다.

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